Vor ca. 17 Mio Jahren entstand in der Folge tektonischer Vorgänge und später während des Tertiärs und Quartärs sowie der landschaftsprägenden Dynamik von Gletschern und der Donau in den vergangenen 50.000 Jahren das grundwasserabhängige Moor (Assmann 1995, Flinspach et al. 1997, Göttlich 1979, Schloz et al. 2011). Die ehemals bis zu 5 m mächtigen Torfschichten (Schuch 1995) liegen auf bis zu 2 m dicken tonig-lehmigen Ablagerungen (Hartel et al. 1952), die den ehemaligen kiesigen Flusssedimenten aufliegen.
Das Grundwasser im Kies und dem Karstgebirge der Schwäbischen Alb, das hier unter den Kies und eine Molasseschicht abtaucht, floss ehemals aus vielen Quellen zwischen Hoch- und Niederterrasse sowie aus „Fenstern“ in der lehmigen Trennschicht (Schloz 1979) in die flache Niederung. So konnte sich hier im Laufe der Jahrtausende ein Niedermoor entwickeln, das nach Succow & Jeschke (1990) sowohl Merkmale eines Verlandungsmoores (Mudde-Ablagerungen über dem Torf) als auch die eines Durchströmungsmoores (Randlage im Urstromtal) aufweist.

Das Gebiet liegt großteils im Regenschatten der Schwäbischen Alb und gehört mit nur ca. 680 mm mittlerem jährlichem Niederschlag zu den regenärmsten Gebieten des schwäbischen Alpenvorlandes (Assmann 1995). Die geringen Niederschlagsmengen zeigen, dass die Vitalität des Niedermoors v. a. von Grundwasserübertritten in den Moorkörper abhängt, die jedoch heute nur noch zeitweise stattfinden (Prösl 1998). Der typische Grundwasser-Gang zeigt einen Höchststand zwischen Januar und April, einen stetigen Abfall bis in den Spätsommer und einen Wiederanstieg etwa ab Oktober (Prösl 1998).

Die Oberfläche der Moorbasis wurde durch strömendes Wasser geformt, wobei sich dies anhand von Analysen der im Torfkörper erhaltenen Pollen auf das Spät- und Periglazial, also auf die Zeit vor etwa 12-14.000 Jahren, datieren lassen (Göttlich 1952). Die Bildung des Torfkörpers begann demnach erst nach der letzten Eiszeit: In Auskolkungen und Altwasserrinnen sowohl der eiszeitlichen und nacheiszeitlichen Gletscherabflüsse als auch der Donau blieben nach Hochwässern Wasserflächen zurück, in denen dann die Moorbildungsvorgänge einsetzten (Göttlich 1952).

Diese Moorbildung stagniert seit etwa 2.000 - 5.000 Jahren, weil sich die Wasserbilanz des Moores umkehrte (Assmann 1995, Göttlich 1952). Göttlich (1952) bewertet dies jedoch trotz der langen Zeit nicht als unumkehrbar, sondern lediglich als Entwicklungsunterbrechung.

Das Gesamtgefälle des Moores beträgt von Nordwest nach Südost zur Donau hin etwa 0,2% und bewirkt eine Selbstentwässerung, die sich in Zusammenhang mit der heute meist fehlenden Quellschüttung im Zustrombereich fatal auswirkt (Göttlich 1952). So schwindet die Torfschicht nicht nur wegen Abtorfung, sondern auch aufgrund der Mineralisation in Folge der Austrocknung (Schuch 1995).